Медичну допомогу жителям міста надають 2 лікарні: ЦРЛ, до складу якої відносяться стаціонарне відділення на 600 ліжок, поліклініки - доросла, дитяча, стоматологічна, жіноча консультація, наркологічний диспансер, протитуберкульозний диспансер; відділкова лікарня ст. Конотоп, до складу якої відносяться стаціонарне відділення на 270 ліжок, поліклініки - доросла, дитяча, стоматологічна; станція швидкої і невідкладної медичної допомоги. Санітарно-епідемічне благополуччя міста забезпечують районна санітарно-епідеміологічна станція та Конотопська лінійна санітарно-епідеміологічна станція на Південно-Західній залізниці.
       Медичні заклади міста у своїй роботі впроваджують сучасні технології в діагностиці та лікуванні хворих. Так, в ЦРЛ працює сучасна флюорографічна установка з цифровою обробкою даних обстеження. Проводиться лікування хворих з хронічною патологією такими методиками. як плазмлфорез, гемосорбція, лазеротерапія, гіпербарична оксигенація, герудотерапія.
       В лікарнях міста забезпечується пріоритетність у наданні медичної допомоги ветеранам війни та праці, учасникам ліквідації аварії на ЧАЕС. Для забезпечення ветеранів війни стаціонарною допомогою в ЦРЛ виділено 70 ліжок, в В.Л. ст. Конотоп 14 ліжок для даної категорії хворих.
       Діти - неоціненне багатство для своїх батьків, їхні надії, сподівання, мрії, гордість, те, за ради чого ми живемо...В нашому місті проживає більше 20 тисяч дітей. Здоров'я, це єдина річ, яку не можна купити ні за які кошти. Прикро, що хвороби не обходять дітей. В дитячому відділенні Конотопської центральної районної лікарні є палати, в яких знаходяться діти, залишені батьками, які потребують більшої турботи. Влітку на території відділення проводиться санаторне лікування для дітей шкільного віку. В дитячому відділенні створені умови, щоб діти не відчували різницю між домом та лікарнею.
       В місті працює 12 аптек та 13 аптечних кіосків. Ліки по пільговим рецептам відпускають 2 аптеки ЗАТ "Ганза", ДКП аптека № 226, аптечні кіоски ТОВ "Юнона", ТОВ аптека "Фарм-союз". У ветеранських аптеках ЗАТ "Ганза" діє знижка 20 % на вітчизняні та 5 % на іноземні ліки ветеранам війни, пенсіонерам.
       Також в місті працюють 1 приватний медичний заклад "Медитон", 14 приватних стоматологічних кабінетів.
       На підприємствах міста функціонують відомчі медичні заклади (2 медсанчастини, 1 поліклініка, 1 медпункт), які оказують значну допомогу в медичному обслуговуванні працюючого населення.